Если сервер может аварийно завершить работу (перезагрузка, зависание) при выполнении периодических задач (выгрузка реестра, обработка списков, переконфигурация файрвола), на время обслуживания нужно их отключить. Это можно сделать командами:
/etc/init.d/apps stop /etc/init.d/crond stop
Восстановить работу:
/etc/init.d/apps start /etc/init.d/crond start