1. Не стоит так хардкорно рисковать (ночью в выходной обновляться).
2. Раз уж это случилось, зайдите на сервер по ssh и выполните команду:
/usr/local/bin/reductor_revert.sh
Она заменит текущую версию последним полным бэкапом, которые лежат в /usr/local/old_Reductor.xxxxxx, а текущую пометит как /usr/local/bad_Reductor.xxxxxy, перезапустит Carbon Reductor и запустит диагностику (которая скорее всего вызовет обновление списков).